M&Aの税金対策とは？｜スキーム別の節税方法をわかりやすく解説

会社や事業の売却を考え始めると、「譲渡益にどれだけ税金がかかるのか」「手取りをどう守ればよいのか」という不安がつきまとうものです。M&Aの税負担はスキームや当事者の立場によって大きく変わり、事前の対策があるかどうかで最終的に残る金額に差が生じます。

本記事では、M&Aでかかる税金の基本から売り手・買い手それぞれの具体的な節税策、申告時期や税制改正の注意点までを整理し、税金対策まで見据えた進め方をわかりやすく解説します。

1. M&Aの税金と税金対策の基本を理解する

会社や事業を売却したものの、税金を差し引いた手取り額が想定より少なく感じた経営者は少なくありません。M&Aでは譲渡益に対して大きな課税が発生し、スキームの選び方や事前対策の有無によって最終的に残る金額が大きく変わります。

売り手と買い手で異なる税金の仕組み、役員退職金や繰越欠損金を使った具体的な節税策、そして申告期限や税制改正の注意点まで押さえておくことが、手取りを守る第一歩になります。

1.1 M&Aの税金はスキームと当事者で変わる

M&Aでかかる税金は、どのスキームを選び、誰が当事者になるかで変わります。株式を売るのか事業を売るのか、さらに売り手が個人株主か法人かで、適用される税目も税率も違うのです。

同じ売却額であっても、この前提を理解しているかどうかで手取りは数百万円単位で動きます。

まず、課税の対象になる「移動する資産」と「当事者の区分」を押さえておきましょう。

• スキームの種類：株式譲渡・事業譲渡・合併・会社分割で課される税目が変わります

• 当事者の区分：個人株主か法人株主かで税率と計算方法が異なります

• 対価の性質：売却代金・退職金・配当のどれで受け取るかで課税が分かれます

• 資産の内訳：譲渡する資産に消費税の課税対象が含まれるかで負担が変わります

上記の4点を自社に当てはめると、どこに課税が生じるかの見当がつきます。入口の見立てを誤ると、後から対策を打っても効果が限られます。 早い段階でスキームと当事者を整理しておくことが、無理のない節税につながるのです。

1.2 売り手と買い手でかかる税金の違い

M&Aの税金は、売り手と買い手で負担する税目がはっきり分かれます。株式譲渡では原則として売り手だけが課税され、事業譲渡になると売り手と買い手の双方に税金が発生する点が大きな違いです。

次の表は、代表的な2つのスキームで誰にどの税金がかかるかを対比したものです。自社が売り手か買い手かによって、注目すべき欄が変わります。

この違いを踏まえると、売り手は「受け取る対価をどう課税されるか」、買い手は「支払った金額をどう損金にできるか」に着目することになります。立場ごとに打てる手が異なるため、交渉前に自社の課税ポイントを把握しておくことが欠かせません。

2. M&Aのスキーム別にかかる税金とは?

2.1 株式譲渡でかかる税金と税率の目安

株式譲渡では、株主が誰かによって課税の重さが大きく変わります。個人株主が株式を売った場合の譲渡益は申告分離課税の対象で、税率の目安は約20.315%です。

この20.315%は、所得税15%・住民税5%・復興特別所得税0.315%を合わせた数字です。一方で法人株主が保有株式を売却すると、譲渡益はほかの所得と合算され、法人税等の対象になります。

個人か法人かで、実効的な税負担は10ポイント前後変わり得ます。 どちらの株主として売却するのが有利かは、保有形態や今後の資産計画によって異なります。数字の目安を押さえたうえで、自社の状況に当てはめて検討することが求められるのです。なお税率は制度改正で変わり得るため、実行前に最新の内容を確認しておくと安心です。

2.2 事業譲渡でかかる税金と消費税の扱い

事業譲渡では、売り手の法人に法人税がかかるだけでなく、譲渡する資産に消費税が課される点に注意が必要です。株式譲渡との最大の違いは、この消費税の存在にあります。

消費税は譲渡資産のすべてに一律でかかるわけではなく、課税資産と非課税資産を区分して計算します。区分を誤ると納税額がずれるため、資産ごとの整理が欠かせません。

• 法人税：譲渡益（譲渡額と簿価の差額）に対して課税されます

• 消費税：棚卸資産や機械などの課税資産に、目安として10％が課されます

• 非課税資産：土地や売掛金などは消費税の対象外として区分します

• 納税者：消費税を申告・納付するのは売り手側です

このように、事業譲渡は税目が複数にまたがるため、資産の内訳を早めに洗い出しておくことが負担の見通しにつながります。買い手が負担した消費税は、要件を満たせば仕入税額控除の対象になるため、双方で扱いを確認しておきましょう。

2.3 合併・会社分割など組織再編でかかる税金

合併や会社分割といった組織再編では、税制適格要件を満たせるかどうかが課税の分かれ目になります。適格要件を満たす場合、資産は帳簿価額のまま引き継がれ、その時点での課税が繰り延べられます。

これは、含み益に対する課税をいったん先送りできる仕組みです。逆に要件を満たさない非適格の再編になると、資産は時価で移転したものとして扱われ、含み益への課税がその期に発生します。

適格か非適格かで、再編時の資金負担はまったく異なる水準になります。そのため、支配関係の継続や事業の引き継ぎといった要件を、実行前に一つずつ確認しておくことが前提になります。再編は登記や契約と一体で進むため、税務判断を後回しにすると修正が難しくなりがちです。

3. 売り手が実践できるM&Aの税金対策

3.1 役員退職金を活用してM&Aの税負担を抑える手順

売り手が検討できる代表的な対策の一つが、株式譲渡代金とは別に、対象会社から税務上適正な額の役員退職金を受け取る方法です。退職所得は退職所得控除を差し引いたうえで、原則として残額の2分の1が課税対象になります。ただし、役員等としての勤続年数が5年以下の場合など、2分の1課税が適用されないケースがあります。

具体的な進め方は次のとおりです。手順を踏むことで、対価の受け取り方を整理できます。

1. 役員としての在任期間を確認し、退職金の適正な範囲を見積もる

2. 株主総会で役員退職慰労金の支給を決議し、議事録を残す

3. 退職所得控除後の金額の2分の1が原則として課税対象になる仕組みと、短期勤続役員に関する例外を確認する

4. 株式譲渡代金と対象会社から支給される役員退職金の金額を、税務上の適正額を踏まえて専門家と調整する

過大な退職金は損金として認められないおそれがあります。 金額の妥当性は在任期間や功績倍率などから判断されるため、根拠を残しておくことが後々の説明につながります。無理のない範囲で設計することが、この対策を有効に使う条件になるのです。

3.2 会社分割で譲渡対象の資産を整理する方法

会社分割では、対象事業に関する権利義務の全部または一部を別会社へ承継させ、売却対象を整理できます。たとえば、売却する事業を新会社へ承継させたうえで、その会社の株式を譲渡する方法があります。

ただし、会社分割によって任意の資産を自由に移転できるわけではありません。承継させる権利義務の範囲や税制適格要件を確認し、法務と税務の両面から設計する必要があります。

ただし、分割そのものが税制適格要件を満たすかどうかで課税関係が変わります。節税を狙った分割が非適格と判定されると、かえって課税が前倒しになりかねません。分割の設計は、譲渡全体の税務と切り離さずに検討することが求められます。

3.3 M&A後の譲渡代金を適切に管理する方法

M&Aで大きな譲渡益を得た後は、その資金にどう向き合うかが次の課題になります。売却で手にした代金をそのまま置いておくと、翌年以降の税負担や資産の目減りに対して手を打てないままになりがちです。

譲渡代金を受け取った後に資産を組み換えても、すでに発生した譲渡益への課税が原則として減るわけではありません。納税資金を確保したうえで、残った資金について将来の運用益や相続、事業承継を見据えた資産管理を検討することが重要です。

以下は、譲渡後の資金を検討するときの着眼点です。

• 組み換え：現金を不動産などに換え、資産の構成を見直します

• 納税資金：売却によって発生する税額を見積もり、運用資金とは別に確保します

• 継続性：相続や事業承継まで見据えた保有方針を決めます

• 専門家関与：税務と投資の両面から助言を受けます

譲渡益の課税は避けられない以上、受け取った後の運用まで含めて考えることが、納税後の資産を適切に管理することにつながります。売却の完了をゴールにせず、次の一手を早めに準備しておくとよいでしょう。

加えて、譲渡益が発生した年度の納税資金と、翌年以降に生じる運用益や生活・事業の資金繰りを切り分けて捉えることも大切です。売却年に納めるべき税額を先に確保したうえで、残りの資金を中長期でどう配分するかを別枠で計画すれば、目先の納税と将来の資産形成を混同せずに判断できます。

4. 買い手が実践できるM&Aの税金対策

4.1 資産調整勘定(のれん)の償却でM&Aの税金対策を行う

買い手にとって代表的な節税策が、資産調整勘定、いわゆる税務上ののれんの償却です。事業譲渡などでは、取得した資産と負債を時価で評価し、買収価額がその時価純資産額を上回る場合、一定の差額が税務上の資産調整勘定として計上されます。

税務上ののれんは、原則として5年（60か月）で均等に償却します。毎期の損金が増えることで課税所得が圧縮され、法人税の負担を抑える効果が生まれるのです。

一方で、株式譲渡による買収ではこの税務上ののれんが発生しません。税務上の資産調整勘定が生じるかどうかは、事業譲渡や非適格組織再編など、採用するスキームと取引条件によって異なります。どのスキームなら償却効果を取り込めるかは、買収の目的とあわせて判断することが前提です。

4.2 繰越欠損金の引き継ぎで法人税を抑える条件

株式取得では、対象会社の繰越欠損金は対象会社に残り、対象会社自身の将来の所得と相殺できる場合があります。一方、適格合併などで買い手側に繰越欠損金を引き継ぐ場合は、支配関係や事業継続などの要件を満たす必要があります。

主に確認すべきポイントは次のとおりです。要件を満たさないと、欠損金の使用が制限されることがあります。

• 適格要件：合併などが税制適格に該当するかを確認します

• 支配関係の継続：一定期間の支配関係があるかが問われます

• 事業の継続：買収した事業を引き続き営んでいるかが要件になります

• 利用制限：制度上、引き継げる欠損金額に上限が設けられる場合があります

繰越欠損金は法人税の繰越期間が10年とされており、うまく引き継げれば複数年にわたる節税につながります。とはいえ判定が細かいため、実行前に要件の充足を一つずつ検証しておくことが欠かせません。

4.3 買収スキームの選び方で変わる税負担

同じ会社を買う場合でも、株式を取得するか事業を取得するかで、買い手の税負担は変わります。株式取得ではのれんの償却メリットは得にくい一方、対象会社を丸ごと引き継ぐため手続きは比較的シンプルです。

事業取得では、支払対価が時価純資産額を上回る場合などに、税務上の資産調整勘定を計上して償却できることがある反面、消費税の負担や資産の個別移転といった手間が生じます。節税効果と実務負担は、多くの場合トレードオフの関係になります。

どちらが有利かは、対象会社の資産構成や欠損金の有無、買収後の事業計画によって変わります。目先の税効果だけで決めず、買収後の運営まで含めて比較することが、後悔の少ない選択につながるのです。

5. M&Aの税金対策で押さえる注意点と申告時期

5.1 税制適格要件を満たすための主な条件

組織再編で課税の繰り延べを受けるには、税制適格要件を満たす必要があります。税制適格要件は、合併や会社分割などの再編手法と、当事者間の資本関係によって異なります。すべての組織再編で同じ要件が求められるわけではありません。

以下は代表的な要件であり、再編の種類によって適用されないものもあります。

• 支配関係の継続：再編の前後で一定の支配関係が続くこと

• 金銭等不交付：対価が原則として株式で交付されること

• 事業の継続：移転した事業を引き続き営む見込みがあること

• 従業者の引き継ぎ：従業者のおおむね8割程度が引き継がれること

これらの要件は、グループ内再編か共同事業型かによって扱いが異なります。適格性の判断は専門的なため、再編スキームを固める前に税理士など専門家の確認を受けておくと安全です。要件を後から満たそうとしても手遅れになる場合があるため、設計段階での検証が肝心です。

5.2 M&Aの税金の申告期限と納付のタイミング

M&Aの税金は、当事者が個人か法人かで申告と納付の時期が異なります。期限を逃すと延滞税などが生じるため、資金の準備とあわせてスケジュールを押さえておく必要があります。

次の表に、区分ごとの申告時期の目安をまとめました。実際の期限は個別事情で前後するため、早めの確認が前提です。

譲渡益が大きいほど納税額も膨らむため、納付資金を売却代金から確保しておくことが欠かせません。申告時期を見落とすと、せっかくの節税策も加算税で目減りしかねないのです。カレンダーに期限を落とし込み、逆算して準備を進めましょう。

5.3 税制改正を確認する際の注意点

M&Aに関わる税制は、毎年の改正で内容が見直されます。過去に有効だった節税策が、要件の変更で使いにくくなるケースもあり、古い情報のまま判断するのは避けたいところです。

改正が影響しやすいポイントを挙げておきます。方針を固める前に、M&Aを実行する年度に適用される税制を確認しましょう。

• 税率や控除：譲渡益にかかる税率や各種控除の見直し

• 適格要件：組織再編の要件や欠損金引き継ぎの条件変更

• 特例措置：事業承継など期限付きの優遇制度の延長や終了

• 確認手段：国税庁の公表資料や専門家への相談での裏取り

制度は改正されるものである以上、記事や書籍の情報だけで結論を出すのは危うい面があります。実行の直前に、その時点の税制と自社の状況を専門家に確認しておくことが、思わぬ課税を避ける近道になります。

6. M&A後の資産管理を支援する株式会社ヴィジョン

6.1 大きな譲渡益とM&Aの税金に悩む経営者に向く理由

M&Aで多額の譲渡益を得た経営者やオーナーほど、その後の税負担に頭を悩ませます。

株式会社ヴィジョンは、こうした大きな税負担を抱える層の課題に向き合ってきた節税・資産コンサルティング会社です。

同社が支援に向くと考えられる理由を整理します。自社の状況と照らして、相談先として合うかを確かめてみてください。

• 対象層の一致：税負担3,000万円以上の法人経営者・オーナーを主な対象としています

• 支援内容：法人向けの節税商品や資産管理に関する相談に対応します

• 資産管理：資産の組み換えや有効活用について相談できます

• 拠点：東京都中央区銀座を拠点に活動しています

譲渡益が大きいほど、対策の有無で残る資産は変わってきます。まず自社の税負担の規模を把握し、それに見合う相談先を選ぶことが出発点になるのです。

6.2 不動産やオペレーティングリースを活かした節税の強み

株式会社ヴィジョンの特徴は、本業の不動産で培った資産管理ノウハウを提案の土台にしている点です。加えて、オペレーティングリースをはじめとする節税対策商品を扱い、譲渡益への対策を具体的な形で検討できます。

次の表は、一般的なケースと同社の方針を対比したものです。どこに違いがあるかを確認する参考にしてください。

案内する商品を、原則として自社で導入・検証したものや、厳格な基準で選定したものに限っている点は、提案の裏付けにつながります。単発の商品紹介にとどまらず、資産全体の組み換えまで見据えて相談できるところが、大きな譲渡益を抱える経営者にとっての利点になります。

6.3 導入前に知っておきたい検討のポイント

節税策は、同じ商品でも経営者ごとに最適解が変わります。譲渡益の規模、保有資産の内訳、承継の予定によって打つべき手が違うため、一律の答えを当てはめるのは避けたいところです。

そのため、導入を前提に走り出すのではなく、まず自社の状況を棚卸しし、どの対策が合うかを相談しながら見極める姿勢が求められます。本業の合間に自力で判断しようとすると、要件の見落としや時期の失念が起こりがちです。

税務判断は税理士に確認し、資産の組み換えや運用については各分野の専門家に早い段階で相談すると、選択肢を狭めずに検討を進められます。M&Aの完了前から税金対策を並行して考えることが、手取りを守る現実的な進め方になるのです。

7. まとめ:M&Aは税金対策まで見据えて進めよう

M&Aの税金は、スキームと当事者の組み合わせで負担が大きく変わります。株式譲渡なら個人株主の譲渡益に約20.315%、事業譲渡なら法人税に加えて消費税と、課税の形はケースごとに異なるのです。

売り手は役員退職金や会社分割、買い手はのれんの償却や繰越欠損金の引き継ぎと、立場ごとに打てる手があります。いずれも税制適格要件や申告期限、そして毎年の税制改正を確認しながら進めることが前提になります。

譲渡益への課税は避けられませんが、事前に取引条件を設計し、売却後の資産管理まで見据えることで、納税後の資産を守りやすくなります。大きな税負担に直面したときは、税務と資産の両面から相談できる相手を早めに見つけ、M&Aの完了前から対策を組み立てておきましょう。

M&Aの譲渡益と税金対策に悩む経営者を支える株式会社ヴィジョン

株式会社ヴィジョンは、税負担3,000万円以上の法人経営者・オーナーに向けて、不動産で培った資産管理ノウハウとオペレーティングリースを活かした節税支援を手がける会社です。案内する商品を、原則として自社で導入・検証したものや、厳格な基準で選定したものに限っている点が、提案の裏付けになります。

まずは自社の税負担の規模を共有するところから、資産の組み換えや有効活用まで見据えて一緒に検討してみませんか。